土壤活化剂的使用方法有两种，一种是直接喷施在大田的土壤上，一种是与肥料混合使用。
直接喷施于土壤
如果是在种植水稻等水田使用，使用的剂量为：每亩用土壤活化剂350至450克，兑水稀释成70倍液。
使用方法：在水稻田放水泡田整地前1个月左右，将稀释好的溶液均匀地喷施在田地面上，喷完后立即翻耕，将溶液埋入土壤中。
在种植玉米、棉花的旱地使用，使用的剂量与水田剂量相同，可以在春耕前或者秋播整地前，将稀释液均匀地喷施在旱地土壤上，然后翻耕整地。
在直接喷施时要注意：土壤活化剂必须稀释后才能喷施；稀释后的稀释液要一次性用完，切忌保存后再使用；喷施后要深耕或开沟深埋入土，不能在阳光下曝晒，以防降低使用效果。
与肥料混合使用
与肥料混合使用又分施追肥和施底施两种方法，这两种方法都必须要经过发酵才能使用。
施底肥使用方法：主配料为：土壤活化剂，红糖，米糠，水。比例为1:2:8:15（即1公斤活化剂，2公斤糖、8公斤米糠，15公斤水），将主配料按比例混合拌匀，装在瓦缸或塑料桶等容器中，密封发酵7天左右，然后与农家肥混合拌匀，再次密封发酵10天即可。
施追肥使用方法：主配料为：活化剂、红糖、复合肥、水；比例为1:2:5:10（即1公斤活化剂，2公斤红糖，5公斤复合肥，10公斤水）混合拌匀后用缸或者桶密封发酵7天即可。使用时混合肥料一起深施土壤中。
室内盆栽花木的使用方法
室内盆栽花土板结或因常浇自来水造成的碱性土壤，用土壤活化剂兑水稀释成1500到2000倍液，直接灌根，每半个月浇灌一次，连续浇灌3到5次，碱性而板结的土壤逐渐变得疏松透气。
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